Αβέβαιο κρίνεται το μέλλον του ΕΟΦ εν μέσω πανδημίας, καθώς επί της ουσίας δεν υπάρχει κάποιο σύγχρονο οργανόγραμμα που να διέπει τη λειτουργία του, ενώ σε λίγες εβδομάδες λήγουν οι συμβάσεις του μη μόνιμου προσωπικού του. Ειδικότερα, το υφιστάμενο οργανόγραμμα του ΕΟΦ είναι από το 1989 και έχει ξεπεραστεί από τις νέες Οδηγίες και Κανονισμούς της ΕΕ, καθώς και από την προσθήκη νέων αντικειμένων εργασίας.

Ένας Οργανισμός είχε δημιουργηθεί την άνοιξη του 2019, όμως η υπογραφή του για άγνωστους λόγους δεν προχώρησε, ενώ μετά τις εκλογές και την αλλαγή ηγεσίας στο υπουργείο Υγείας και στον ΕΟΦ δεν υπήρξε κάποια δημόσια δεδηλωμένη πρόθεση να σχεδιαστεί ένας νέος οργανισμός. Ταυτόχρονα, το φθινόπωρο λήγουν οι συμβάσεις του μη μόνιμου προσωπικού, με αποτέλεσμα τη δραματική μείωση του ανθρώπινου δυναμικού του και την πλήρη αδυναμία να επιτελέσει το έργο του.

Σημειώνεται ότι εδώ και μια περίπου δεκαετία είχε επισημανθεί η ανάγκη στήριξης του ΕΟΦ με προσωπικό, ώστε να μπορέσει να επιτελέσει το πολύ σημαντικό έργο του σε μια σειρά από τομείς, όπως: αξιολόγηση, αδειοδότηση και κυκλοφορία φαρμάκων σε εθνικό επίπεδο, συμμετοχή του ΕΟΦ στις διαδικασίες Αξιολόγησης (ΗΤΑ), Διαπραγμάτευσης, συνταγογράφησης και αποζημίωσης.

Επίσης, ο ΕΟΦ συμμετέχει σε ευρωπαϊκές διαδικασίες έγκρισης νέων φαρμάκων, σε ελέγχους-επιθεωρήσεις παραγωγικής δραστηριότητας σε ΕΕ, ΗΠΑ, Τρίτες Χώρες και της δυνατότητας διενέργειας εργαστηριακών ελέγχων. Τα τελευταία χρόνια ο ΕΟΦ έχει αναβαθμισμένο ρόλο όσον αφορά την ανάπτυξη των κλινικών μελετών στη χώρα, ενώ πραγματοποιεί ελέγχους και επιθεωρήσεις κλινικών δοκιμών σε εθνικό και κάποιες φορές και σε ευρωπαϊκό επίπεδο.

Παράλληλα, ο ΕΟΦ έχει ένα  αναβαθμισμένο ρόλο αναφορικά με την πληροφόρηση του κοινού, των επιστημόνων υγείας καθώς και όλων των εμπλεκόμενων φορέων για φάρμακα και ιατροτεχνολογικά προϊόντα.  Όσον αφορά το προσωπικό, το 2014 υπηρετούσαν μόλις 140 υπάλληλοι (επιστημονικό και διοικητικό προσωπικό), όταν σε άλλες χώρες της ΕΕ με αντίστοιχο πληθυσμό οι αντίστοιχοι οργανισμοί έχουν περισσότερο από 750 υπαλλήλους. Κατά το διάστημα 2015-2019, το προσωπικό αυξήθηκε σε περίπου 320 υπαλλήλους, μεγάλο μέρος του οποίου ήταν επιστημονικό προσωπικό (φαρμακοποιοί, χημικοί, ιατροί κτηνίατροι κ.α.). Ωστόσο, πολύ σύντομα λήγουν οι συμβάσεις του υπηρετούντος μη μόνιμου προσωπικού και εάν ο ΕΟΦ δεν προχωρήσει σε μόνιμες προσλήψεις επιστημονικού προσωπικού θα υπάρξουν μεγάλα κενά σε αρκετές διευθύνσεις και λειτουργίες του οργανισμού. Για το θέμα κατατέθηκε ερώτηση προς τον Υπουργό Υγείας από τον Ανδρέα Ξανθό και 48 βουλευτές του ΣΥΡΙΖΑ.