Τροποποιήσεις στη Διοίκηση των νοσοκομείων του ΕΣΥ, προβλέπει το άρθρο 39 του νομοσχεδίου του Υπουργείου Εσωτερικών. Συγκεκριμένα, προβλέπεται επταμελές Διοικητικό Συμβούλιο για Νοσοκομεία μέχρι 399 οργανικές κλίνες και εννεαμελές για Νοσοκομεία με 400 και άνω οργανικές κλίνες που θα αποτελείται από: α) Τον Διοικητή του Νοσοκομείου, ως Πρόεδρο του Διοικητικού Συμβουλίου β) Δύο μέλη σε Νοσοκομεία έως 399 οργανικές κλίνες και τρία μέλη σε Νοσοκομεία με 400 και άνω οργανικές κλίνες, που ορίζονται από τον Υπουργό Υγείας με τους αναπληρωτές τους. Στα πανεπιστημιακά νοσοκομεία, το ένα από τα τακτικά και ένα από τα αναπληρωματικά μέλη που διορίζει ο Υπουργός Υγείας, πρέπει υποχρεωτικά να είναι μέλος ΔΕΠ του Ιατρικού Τμήματος του οικείου ΑΕΙ γ)τον  Αναπληρωτή Διοικητή του Νοσοκομείου ως Αντιπρόεδρο, σε νοσοκομεία με 400 και άνω κλίνες, με αναπληρωτή του τον Διευθυντή της Διοικητικής Υπηρεσίας δ) Έναν εκπρόσωπο των ιατρών και ειδικευόμενων ιατρών που υπηρετούν στο Νοσοκομείο, ε) Έναν εκπρόσωπο του λοιπού, πλην των ιατρών ΕΣΥ προσωπικού του Νοσοκομείου στ) Έναν περιφερειακό σύμβουλο της οικείας περιφερειακής ενότητας εντός των χωρικών ορίων της οποίας εδρεύει το νοσοκομείο ζ) Έναν εκπρόσωπο του οικείου ιατρικού συλλόγου, ο οποίος ορίζεται μαζί με τον αναπληρωτή του με απόφαση του διοικητικού συμβουλίου του συλλόγου. Τόσο ο ΠΙΣ όσο και ο ΙΣΑ χαιρετίζουν την απόφαση για εκπρόσωπο των ιατρικών συλλόγων στα ΔΣ των νοσοκομείων, κάτι που αποτελούσε πάγιο αίτημά τους.