Σημαντικά πρωτοποριακά εργαλεία βιοπληροφορικής που αναπτύχθηκαν από τη συνεργασία δύο επιστημονικών ομάδων από το Ινστιτούτο Πληροφορικής του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας (ΙΤΕ) και το Ινστιτούτο Θεωρητικών Σπουδών της Χαϊδελβέργης (HITS) συνέβαλαν στην εξήγηση της πολυπλοκότητας της εξέλιξης των πτηνών. Τα αποτελέσματα αυτής της έρευνας, που υλοποιήθηκε από μια διεθνή ομάδα επιστημόνων, δημοσιεύτηκαν στο υψηλού επιστημονικού κύρους περιοδικό Nature. Ο επικεφαλής των ομάδων βιοπληροφορικής (ομάδα Υπολογιστικής Βιοποικιλότητας του Ινστιτούτου Πληροφορικής του ΙΤΕ, ομάδα Υπολογιστικής Μοριακής Εξέλιξης του HITS) Αλέξανδρος Σταματάκης είναι κάτοχος μιας θέσης ERA Chair στο ΙΤΕ που χρηματοδοτείται από την ΕΕ. «Αυτό που κάνουμε κατά κύριο λόγο, είναι να διευκολύνουμε την έρευνα στην εξελικτική βιολογία μέσω της ανάπτυξης λογισμικού, αλγορίθμων και εξελικτικών μοντέλων», ανέφερε ο κ. Σταματάκης για την έρευνα που πραγματοποιούν οι ομάδες του. «Το λογισμικό ParGenes, για παράδειγμα, μπορεί να υπολογίσει σε σύντομο χρονικό διάστημα έναν τεράστιο αριθμό φυλογενετικών δέντρων για διαφορετικές περιοχές του γονιδιώματος σε μία συστοιχία υπολογιστών. Για να το καταφέρουμε αυτό, λύσαμε ένα κλασικό πρόβλημα της πληροφορικής, συγκεκριμένα το πώς μοιράζουμε αποτελεσματικά, στον ελάχιστο δυνατό χρόνο, έναν μεγάλο αριθμό υπολογισμών σε μία υπολογιστική συστοιχία».